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自宅PCやゲーム機で「世界最強スパコン」に参加、新型コロナ研究の挑戦

スーパーコンピューターの配線ケーブル(2019年6月3日撮影、資料写真)。(c)STEPHANE DE SAKUTIN / AFP

スーパーコンピューターの配線ケーブル(2019年6月3日撮影、資料写真)。(c)STEPHANE DE SAKUTIN / AFP

【AFP=時事】ゲーム愛好家やビットコイン採掘者(マイナー)、大小さまざまな民間企業が力を合わせ、新型コロナウイルス治療の研究を加速させようと取り組んでいる。

 計算生物学者らの率いるプロジェクト「Folding@Home(フォールディング・アット・ホーム)」では、個人・企業が所有するパソコンやゲーム機の余剰パワーを結集し、前例のないデータ高速処理を実現。ウイルスの構造解析に必要な数兆桁の計算に対応できる事実上世界最強のスーパーコンピューターを開発した。

 プロジェクトの拠点は米セントルイス・ワシントン大学(Washington University in St. Louis)。プロジェクトディレクターのグレッグ・ボウマン(Gregory R. Bowman)助教授(生化学・分子生物物理学)によれば、この2週間で40万人以上が「Folding@Home」専用アプリをダウンロードした。

 多数のコンピューターをネットワーク接続して仮想スーパーコンピューターを構築する「分散コンピューティング」を用いたこのプロジェクトは、もともと20年前に米スタンフォード大学(Stanford University)で始まったものだ。クラウドソーシングにより強化した演算能力でシミュレーションを行い、病気について、特に病原体の致死性を高める「たんぱく質の折りたたみ(フォールディング)」の異常について、理解を深めるため設計された。

 今回の取り組みでは大規模な解析によって、新型コロナウイルスの構造上に治療薬が干渉できる「ポケット(穴)」を見つけ出そうとしている。

「主要目的は、治療薬の結合部位を探すことだ」とボウマン氏。強力な仮想スーパーコンピューターでは、候補となった薬剤の治療効果をシミュレーションで確認できる。コンピューター創薬と呼ばれる手法だ。

 プロジェクトチームが以前エボラウイルスで治療薬の標的を発見していることや、新型コロナウイルスの構造が既存研究の多い重症急性呼吸器症候群(SARS)ウイルスと似ていることから、ボウマン氏は楽観的な見通しを示している。「近い将来に最も期待がかかるのは、いずれかの部位に結合できる既存の薬剤を見つけられるかどうかだ」

■無限の演算能力で無力感に対抗

「Folding@Home」プロジェクトを支えるのは、個人所有のパソコンや「プレイステーション(PlayStation)」などのゲーム機、よりパワフルな事業用のコンピューターやサーバーから集約した演算能力だ。「原理上、われわれが利用できるコンピューター能力は無限だ」とボウマン氏は言う。

 比較的最近のコンピューターを持っていれば、誰でもプロジェクトに貢献できる。インストールしたプログラムアプリが少量のデータをダウンロードして解析を行い、参加者は協力対象の病気を選択することもできる。

 米マイクロソフト(Microsoft)傘下のソフトウエア開発プラットフォーム「ギットハブ(GitHub)」など、IT大手も参加している。

 ゲーム機向けの強力なグラフィックチップを製造する米エヌビディア(NVIDIA)は、ゲーマーたちにプロジェクト参加を呼び掛けた。同社広報によれば「反響は記録的で、数万人が新たに参加した」という。

 中でも、ソーシャルニュースサイト「レディット(Reddit)」のパソコン・ゲーム愛好家グループの貢献は大きい。約2万4000人のメンバーを抱えるこのグループを率い、「Folding@Home」プロジェクトの顧問でもあるポルトガル在住の弁護士ペドロ・バラダス(Pedro Valadas)氏は、「無力感に対抗できる素晴らしい武器だ」とこの取り組みを称賛した。【翻訳編集】 AFPBB News|使用条件